Почему после загрузки файла появилась только часть сообщений?

Возможно, включена фильтрация и в сохраненном файле есть сообщения, которые не удовлетворяют настроенным критериям.

Проверьте, включена ли фильтрация: отмечен ли пункт главного меню Настройки -> Включить/выключить фильтрацию или утоплена ли соответствующая кнопка на тулбаре. Если после отключения фильрации и перезагрузки трейса (Файл -> Обновить)сигнальные сообщения начинают появляться, проверьте, правильно ли настроены критерии фильтрации (меню Настройка -> Настройки фильтров).